B'Elanna und Tom sind in einem Shuttle unterwegs, um der Ursache merkwürdiger Signale nachzugehen. Plötzlich beamen sich zwei Aliens an Bord des Shuttles und schiessen auf die beiden Starfleet-Offiziere und verschwinden wieder. Die Voyager entdeckt das Shuttle und die beiden Verletzten werden sofort in die Krankenstation gebracht. B'Elanna erholt sich recht schnell, doch Toms Verletzungen sind wesentlich ernster. Probleme bei der Behandlung tauchen auf, als sich der Holodoc nicht mehr an die Verfahrensweise beim Behandeln erinnern kann.
Nach und nach vergisst der Doktor immer mehr. B'Elanna stellt fest, dass die Ursache darin liegt, dass der Doktor nun 2 Jahre (!) dauerhaft aktiv ist und nicht wie eigentlich geplant war, nur gelegentlich benötigt wurde. Torres sieht nur einen Ausweg die Level-4-Fragmentierung des Speichers zu defragmentieren: Durch einen kompletten Neustart. Der Nachteil wäre nur der, dass der Doktor seine kompletten gesammelten Daten, die er in den 2 Jahren gesammelt hat, wieder verlieren wird.
Kes kommt auf die Idee, das Holodoc-Diagnose-Programm auf dem Holodeck zu starten. Zusammen mit Dr. Lewis Zimmerman versucht Kes das Problem zu l6ouml;sen. Unterdessen wird die Voyager von den Aliens angegriffen, da sie unerlaubt durch ihr Territorium fliegen. Ein riesiger Schwarm kleiner Raumschiffe verfolgt die Voyager und holt sie langsam ein.