Nachdem die Voyager und das Borgschiff entkommen sind, versuchen Janeway und Tuvok auf dem Borgschiff mit den Borg eine Waffe zu entwickeln. Die Borg wählen eine Drone aus, Seven of Nine die mit Janeway und Tuvok daran arbeiten soll, da sich Janeway und Tuvok weigern, sich mit dem Kollektiv zu verbinden.
Spezies 8472 nimmt telepatisch Kontakt zu Kes auf und kann so die beiden Schiffe orten. Ein Alien-Schiff erscheint und feuert auf die Voyager. Um die Voyager zu retten, stellt sich das Borg-Schiff in den Weg und rammt das Alien-Schiff, wodurch beide Schiffe zerstört werden. Lediglich eine kleine Gruppe von Borg, darunter 7 of 9, Janeway und Tuvok gelingt es, sich im letzten Augenblick in einen Frachtraum der Voyager zu beamen. Janeway wird dabei schwer verletzt und liegt vorerst im Koma.
Währenddessen gelingt es dem Doktor mit Hilfe der Naniten Harry wieder zu heilen. Chakotay, der
jetzt das Kommando über die Voyager hat, beschliesst, die restlichen Borg auf einem Planeten
auszusetzen , nachdem er ihnen die Naniten gegeben hat und will auf eigene Faust versuchen, mit
der Voyager durch den Borg-Raum zu
gelangen.
Seven lehnt ab und die Borg versuchen die
Voyager unter ihre Kontrolle zu bringen.
Chakotay lässt das gesammte Deck, auf dem
die Borg untergebracht sind, dekompressieren.
Alle Borg werden dabei ins All geschleudert. Lediglich Seven gelingt es, auf der Voyager zu bleiben.
Sie öffnet eine Subraumspalte, in die die Voyager hineingezogen wird ... direkt in dem Raum von
Species 8472. Mit Hilfe von Seven installiert die Crew Abschussvorichtungen für die mit Naniten
modifizierten Torpedos. Als sie von vier Alien-Schiffen angegriffen werden, gelingt es ihnen sie zu
vernichten.
Seven bringt daraufhin die Voyager wieder in den normalen Raum zurück, gefolgt von ca. 30
Alien-Schiffen. Janeway (mittlerweile aus ihrem Koma erwacht), lässt einen Hochexplosiven
Torpedo in den Haufen von Schiffen abfeuern, wodurch fast alle ausser Gefecht gesetzt werden. Der
Rest der Schiffe dreht ab und verschwindet, ebenso wie alle anderen Schiffe der Species 8472 im
Quadranten.
Seven of Nine bekommt darauf den Befehl, die Voyager zu assimilieren und versucht die Voyager unter ihre Kontrolle zu bringen. Chakotay und dem Doktor gelingt es jedoch, ihre Verbindung zum Kollektiv endgültig zu trennen und die Voyager kann vorerst entkommen.