Die Voyager wird von einer Subraum-Schockwelle getroffen, worauf das Schiff sofort vollständig halt macht und die Comuptersysteme auf den "Omega-Modus" umstellt. Die ganze Crew ist verwirrt, da sie keine Ahnung hat, was der Omega-Modus ist, nur Janeway scheint darüber Bescheid zu wissen, zieht sich in ihren Bereitschaftsraum zurück und studiert die Sensoreninformationen, während der Rest der Crew sich nur fragen kann, was los ist. Etwa einen Tag später kommt Janeway wieder aus ihrem Bereitschaftsraum heraus und enthüllt den Offizieren die "Omega-Direktive". Vor einiger Zeit entdeckte die Sternenflotte ein sehr seltenes Partikelteilchen, das eine ungeheure Menge an Energie besitzt. Man versuchte, sich diese Partikel zunutze zu machen, scheiterte jedoch. Die Zerstörungskraft des Omega-Partikels war so gross, dass die Sternenflotte entschied, es zu zerstören und die "Omega-Direktive" zu schaffen: Wann auch immer diese Substanz entdeckt wird, ist die Sternenflotte verpflichtet, sie zu zerstören, ebenso wie jegliches darauf bezogenes wissenschaftliches Material. Dieser Befehl steht sogar noch über der Prime Directive. Um die Existenz von Omega geheim zu halten, werden die Offiziere offensichtlich nur darauf aufmerksam gemacht, wenn die Sensoren ihres Schiffes die Substanz oder Spuren ihrer Wirkung entdecken, worauf das Schiff in den "Omega-Modus" geht und der Captain eingeschaltet wird. Wie es scheint war die Schockwelle, die die Voyager traf, solch eine Wirkung. Janeway lässt die Quelle der Schockwelle suchen mit der Absicht, das Omega-Gerät/die Omega-Daten, das/die dafür verantwortlich war(en) zu zerstören, oder was auch immer davon übrig ist. Seven jedoch spricht sich dagegen aus und weigert sich, Janeway zu helfen, es zu zerstören...die Borg wussten von der Existenz der Omega-Partikel und suchten sie lange Zeit. Als "perfekte" Energiequelle sahen sie es als Schlüssel zu der Perfektion, die sie erlangen wollen. Seven glaubt, dass sie mit dem kombinierten Wissen der Sternenflotte und der Borg einen Weg finden könnte, sie als Energiequelle für die Voyager nutzbar zu machen. Schliesslich entdeckt die Crew die Ruinen einer Wissenschaftsfabrik auf einen nahegelegenen Planeten und finden das Omega-Gerät. Seven zeigt Chakotay, was sie mit dem Gerät tun will und überzeugt ihn, Janeway davon zu überzeugen, sie daran arbeiten zu lassen. Janeway gibt Seven nach reiflicher Überlegung eine Chance. Leider funktioniert Sevens Experiment nicht, und die Voyager ist am Rande der Zerstörung. Doch in letzter Sekunde gelingt es ihnen, das Gerät abzuwerfen und es sicher detonieren zu lassen. Die Voyager setzt ihren Heimflug fort...