2368 beendete Bashir die Starfleet-Medical-School. 2369 kam er als Lt. junior auf Deep Space Nine. Dort wurde ein medizinischer Spezialist für verschiedenste Rassen (Exobiologe) als Arzt benötigt. Er bat um die Stelle auf DS9, da er die Herausforderung liebt, an ungewöhnlichen Orten zu arbeiten. Wie in der Episode D114 "Doctor Bashir, I Presume" bekannt wird, hatte Bashir in seiner frühen Schulzeit sehr grosse Probleme. Seine Eltern entschieden sich dazu, ihn illegal genetisch zu verändern, so dass er intelligenter wurde. Bashir war vorgesehen für das Abbild des holographischen medizinischen Notfallprogramms der zweiten Generation. Dies wurde jedoch nach Bekanntwerden der genetischen Manupulation verworfen.