2353 schloß er die Starfleet Academy ab. Kurz darauf traf er seine zukünftige Frau. Sisko diente 3 Jahre als Lt. Cmdr. auf der U.S.S. Saratoga, die 2367 bei Wolf 359 bei der Schlacht gegen ein Borg-Schiff zerstört wurde, wobei seine Frau Jennifer ums Leben kam. Er wirkte danach auf dem Mars am Umbau der Flotte in den Utopia Planitia Raumwerften mit und leitet seit 2369 (SD 46388.2) das Starfleet-Team auf Deep Space Nine. Seitdem er 2369 im Denorios Gürtel die Lebensform kontaktierte, welche von den Bajoranern als Propheten angesehen wird, wird er von diesen als Botschafter angesehen, der das bajoranische Volk beschützt. Sisko hat Probleme mit dieser Ansicht, akzeptiert aber die Religion Bajors. Sisko kennt Dax, den Symbionten in Jadzia, von früher, als dieser in dem Wirtskörper Curzon lebte (s. Dax, Jadzia). Beide waren fast 20 Jahre gute Freunde und Sisko hatte zunächst Probleme, seinen alten Freund in einem atrraktiven Frauenkörper zu akzeptieren. Sein Vater war ein Gourmet-Koch, der die Familie immer für seine Rezeptexperimente benutze. Er ist ein Baseball-Fan und hat einige entsprechende Holosuite-Programme. Außerdem ist er einfühlsam und kurzgebunden.